第二季的故事发生在第一季主角们升入五年级之后。曾经辉煌的竖笛社团因为三年级生毕业而只剩下了三名成员，面临废部危机。根据校规，社团存活必须至少有九名成员。团长小奏不得不“狩猎”新人，目标锁定在了全校最不可能加入社团的六个人身上：总是翘课在屋顶喂猫的转校生、患有重度社交恐惧症的钢琴天才、只想当视频主播的六年级大姐头、痴迷于研究屎壳郎的理科怪人、以及一个声称“音乐是毒品”的极端环保主义者。小奏必须用竖笛的声音逐一打开他们的心扉，排练曲目也从古典乐变成了他们各自喜欢的流行、电音甚至“自然采样”。在文化祭演出当天，他们的合奏出现了重大失误，却意外奏出了前所未有的和谐。
延续了第一季温暖治愈且不失幽默的风格。本季对“怪胎”角色的刻画入木三分，每个人拒绝音乐的理由都是一种自我保护。文化祭的“失败演出”是神回，它证明了不完美的、真实的合奏比任何精准的演奏都更有力量。竖笛这种看似幼稚的乐器，在这里成了连接灵魂的管道。
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